Der Alatsee ist ein meromiktischer See 6 km westlich von Füssen in Bayern, nur etwa 80 Meter nördlich der Grenze zu Österreich, sowie gut 500 Meter südlich des tiefer gelegenen Weißensees, und von diesem getrennt durch den Unteren Weißenseeberg (Westen) und dem Burkenbichlberg (Osten). Er ist 490 Meter lang (Ost-West), und bis 290 Meter breit. Seine Fläche misst 12 ha, und er ist maximal 32,1 m tief. Er wird vom Grundwasser gespeist und fließt nach Osten über den Faulenbach durch Obersee und Mittersee in den Lech ab.

In 15-18 m Tiefe weist der Alatsee eine leuchtend rot gefärbte Schicht von Purpur-Schwefelbakterien auf, die weltweit zu den ausgeprägtesten in Süßwasserseen zählt. Oberhalb dieser Schicht ist der Alatsee sauerstoffreich und von einer reichen Flora und Fauna besiedelt. Unterhalb der Schicht findet sich so gut wie kein Sauerstoff mehr im Wasser. Der für die Bakterien lebenswichtige Schwefelwasserstoff stammt nach neuesten Ergebnissen nicht aus den Gipsschichten des umgebenden Gesteins. Isotopenmessungen mit Tiefenwasser haben ergeben, dass das Wasser zu alt ist, um durch Eintrag von außen so hohe Schwefelkonzentrationen zu haben. Allerdings ist die Herkunft des Schwefels noch nicht geklärt. Tatsache ist, dass der Alatsee, im Gegensatz zu den meisten anderen Seen, im Winter keine Wasserzirkulation erfährt und so das schwefelhaltige Tiefenwasser seit Tausenden von Jahren am Boden liegt.

Luftwaffentechniker haben auf dem Alatsee während des Zweiten Weltkrieges mit Unterwassermodellen der Focke-Wulf Ta 154 Aerodynamik-Versuche durchgeführt. Im See findet man noch heute riesige Eisenstangen, die dafür benutzt wurden. Unbewiesenen Gerüchten zu Folge wurden gegen Ende des Zweiten Weltkrieges Goldschätze der Deutschen Reichsbank, die zuvor auf dem Schloss Neuschwanstein gelagert worden waren, auf dem Grunde des Alatsees versenkt. Diese Gerüchte sowie die militärtechnischen Versuche haben das Autorenteam Michael Kobr und Volker Klüpfel zu ihrem Allgäu-Krimi „Seegrund“ der Reihe Kommissar Kluftinger inspiriert.